apakah dengan adanya otonomi daerah berarti indonesia mempunyai kesatuan pemerintahan lain di dalamnya yang bersifat negara?

Tidak , tapi bersifat daerah.

Tentu saja tidak.Meskipun daerah otonom diberi kewenangan otoda namun daerah otonom masih dibawah pengawasan pusat dan bertanggung jawab kepadanya